Летището разполага с два терминала - Т1 и Т2, наричани също Малпенса 1 и Малпенса 2. На Т1 А се обслужват полети из страната и до държави в шенгенското пространство, а на Т1 В са междуконтиненталните полети и тези извън Шенген. Т2 е запазен за пътниците на нискотарифни авиокомпании, като доскоро те са представлявани само от easyJet, за които това е най-голямата база извън Обединеното Кралство. През 2012 г. се очаква да започнат полети и на Wizzair.
Другите авиокомпании, които оперират на Малпенса, са Aer Lingus, Turkish Airlines, Aerosvit, Air Europa, Gulf Air, Air China, Air One, Jet Airways, Monarch, Jat Airways, Norwegian и Armavia, както и някои компании със сезонни и чартърни полети.




